Nasqué a Vila de Petra, a 44 quilòmetres de Palma (Mallorca). Als 16 anys, ingressà a l'orde de Sant Francesc. Féu tots els seus estudis a Palma i fou ordenat sacerdot. Fou un gran predicador que recorregué tots els pobles de la comarca. Quan tenia 36 anys, es va inscriure per anar de missioner a Amèrica. Des de Càdis, va sortir en un vaixell anglès que, després de molts incidents, arribà a Veracruz. Féu a peu el llarg trajecte des de Veracruz a Mèxic. De tant caminar, li sortí una ferida a la cama que l'acompanyà tota la vida; amb ella caminà després milers de quilòmetres. A Mèxic estigué treballant durant 18 anys.

Finalment arribava l'hora de dur a terme l'obra que el portaria a les pàgines de la història: Califòrnia. El 1769, als seus 56 anys, fundava la primera missió: Sant Diego d'Alcalá, a l'Alta Califòrnia. Després, Monterrey, San Francisco. I així, fins a nou missions durant 15 anys. Moltes vegades fou atacat pels indis quan acabava d'implantar una missió. Tres vegades li cremaren les esglésies acabades d'estrenar. Però l'acció carinyosa, propera i solidària de Junípero anava reduint els recels dels nadius, a qui havia anat a evangelitzar i ajudar.