Nace en Vila de Petra, a 44 kilómetros de Palma (Mallorca). A los 16 años, ingresa en la orden de san Francisco. Hace todos sus estudios en Palma y se ordena sacerdote. Es un gran predicador que recorre todos los pueblos de la comarca. Cuando tiene 36 años, se apunta para ir de misionero a América. Desde Cádiz, sale en un barco inglés que, después de muchos incidentes, llega a Veracruz. Hace a pie el largo trayecto desde Veracruz a México. De tanto andar, se le abre una llaga en la pierna que le acompaña toda su vida; con ella anduvo después miles de kilómetros. En México estuvo trabajando durante 18 años.

Por fin llegaba la hora de realizar la obra que le llevaría a las páginas de la historia: California. En 1169, a sus 56 años, fundaba la primera misión: San Diego de Alcalá, en la Alta California. Luego, Monterrey, San Francisco. Y así, hasta nueve misiones durante 15 años. Muchas veces se vio atacado por los indios cuando acababa de implantar una misión. Tres veces le quemaron las iglesias recién estrenadas. Pero la acción cariñosa, cercana y solidaria de Junípero iba reduciendo los recelos de los nativos, a quienes había ido a evangelizar y ayudar.